En el país, son muchas las instancias que deben velar por la protección a la niñez y la adolescencia, y buena parte de ellas se localizan en las cabeceras departamentales,  por lo que es importante fortalecer la coordinación con ellas, especialmente para que los casos y situaciones derivadas de los municipios, sean atendidas, resueltas promoviendo la restitución integral de los derechos de la niñez y adolescencia involucrada. 

Se espera que el Sistema Departamental de Protección funciones mediante la coordinación efectiva entre las instituciones y actores sociales en el departamento, para garantizar la prevención de la violencia hacia la niñez y adolescencia y la restitución de sus derechos violados o amenazados, teniendo en cuenta su opinión, identidad, edad y género, en base a normas, principios, políticas, procesos y medidas que provienen del sistema nacional de protección.